ناتوانی نظام سیاسی و ورشکستگی آن، بحرانهای مالی، نارسایی و ناهماهنگی با خواستهای مردم به عنوان عامل زمینه ساز در تسریع حوادث و تسلط بیگانگان بر شریانهای داخلی کشور اکثر طبقات مردم را ناراضی، پایه های دولت را متزلزل و زمینه را برای حرکت مردم به رهبری علما آماده کرد.
مهمترین هدف حملات علماء در مبارزه پیگیر و دیرپای خود، لامذهبی محمد علی شاه و دخالت بیگانگان نامسلمان و استعمارگر در ایران بود. و علل دخالت ملا عبدالله مازندرانی و همکاران ایشان در سیاست آن روز ایران را بنا به نامهها، تلگرافهایی که از سوی آنان صادر میشد زندگی راحت برای مردم، برداشتن ستم از روی سرشان، پشتیبانی از ستم دیدگان، اجرای قانون خدا، نگهداری کشور اسلامی از اجانب بیگانه اعلام کردند. در حقیقت عالمان مشروطه طلب، (عبدالله مازندرانی) اساساً دنبال مشروطیتی با ماهیت و محتوای غربی نبودند. اگر علمای نجف بپا نخاسته بودند و با ملیون در فداکاری های پیگیرشان با تمام نیرو همکاری نمی کردند شاید محمد علی شاه به پادشاهی خویش ادامه می داد و حتی آن قول دروغین بازگردانیدن مشروطیت را هم به مردم نمی داد و رژیم مشروطه در ژوئیه 1909م/1327هجری مجدداً اعلام نمیگشت. بنا به گفته کسروی اگر فتاوای علمای نجف و اقدامات علمای داخلی نبود، کم تر کسی از مردم به مشروطیت روی می آورد. مجاهدین تبریز با انگیزه دینی شروع کردند و ستارخان بارها گفته بود که حکم علمای نجف را اجرا می کند. علمای مشروطه طلب، توجه کافی و لازم را به طیف نیروهای غرب گرای مشروطه خواه نداشتند. این در حالی بود که علاوه بر هشدارها و انذارهای شیخ فضل الله نوری، نحوه عملکرد انجمن های مخفی، احزاب و گروه های علنی و روزنامه ها، جملگی حکایت از کجروی فکری و عملی صحنه گردانان سیاست مشروطه خواهی و آزادی طلبی غربی داشت. در چنین اوضاع و احوالی، عالمان مشروطه خواه، به جای آنکه یکسره به قصد و غایت این حرکت یعنی استقرار مشروطه و رهایی از استبداد داخلی و استعمار خارجی از نگاه خود می اندیشیدند، می بایست به مسیر و ابزارها و شیوه های کاربردی برای رسیدن به آن غایت نیز توجه کافی می کردند. تا جبهه ای متحد و معتدل تشکیل دهند و مانع از سرخوردگی های یعدی شوند. متاسفانه بی توجهی در این زمینه، باعث شد تا شیخ فضل الله نوری بناچار در کنار حکومت محمد علی شاه قرار گیرد و سپس به دست عده ای مغرض و ضد دین سربه دار گردد، سید عبدالله بهبهانی هدف ترور قرار گیرد و جان خود را بر سر این راه بگذارد، سید محمد طباطبایی به گوشه انزوا رانده شود، علمای مشروطه خواه نجف پس از تهدیدهای جانی افسرده و سرخورده شوند و سرانجام عبدالله مازندرانی و خراسانی دارفانی را وداع گفتند. در این جا با تأمل در بخشی از نامه ای بجا مانده از شیخ عبدالله مازندرانی، می توان فرجام ماجرای مشروطیت را از نگاه این روحانی بزرگ مشروطه خواه آشکارا مشاهده کرد
روحانیت در جابگاه قشری که در کلیت خود (فارغ از برخی جزئیات و استثناها) مدافع توده های مردم در مقابل حکومت های استبدادی و حاکمان ظالم بوده است، در جریان نهضت مشروطه، به خوبی از آنچه در پی کسب و استقرارش بود، آگاهی داشت و اتفاقاً همین آگاهی و هوشیاری، باعث می شد تا نیروهای غرب گرا و بی تعهد به اسلام، برای پیشبرد مقاصد خود، راه ها و شیوه های اصولی و منطقی را کنار بگذارند و دست به کار ترفندها و روش های غیر متعارف شوند و از طریق فضاسازی ها و اعمال فشارهای تبلیغاتی و روانی، سعی در عقب نشاندن علما از مواضع اصولی خود داشته باشند. نظریه علما نسبت به مشروطیت هر چه بوده، نقش برتر آن ها را در رویدادهایی که به صدور حکم مشروطیت منجر شد نمی توان نادیده گرفت. در سراسر ماجرا انگیزههای مذهبی مسیر هیجان را معین می کرد و این انگیزه ها را علما رهبری و اظهار می کردند. در این مفهوم جنبش چیزی بیشتر از تکرار نقش سنتی علما در رهبری مخالفت مردم با دولت نبود. دیده می شد که دولت اداره حیات اقتصادی ملت را به بیگانگان وا می گذارد و بر بار گناهان خود بی حرمتی کرده نسبت به طلبه ها و علما، کشتن سادات و هتک حرمت به اماکن متبرک را نیز می افزاید.